A pesar de la fama, el artista ha mantenido gran parte de su vida familiar en discreción. Sus dos hijos mayores son Simone Candy Castro Liberman y Mikhail Zaratustra Castro Liberman, quienes nacieron durante su matrimonio con la abogada argentina Valeria Lierman. Simone nació en 2005 y Mikhail en 2007; actualmente tienen alrededor de 19 y 21 años, respectivamente. Ambos residen en Estados Unidos y se encuentran cursando la universidad. Ambos decidieron tomar caminos distintos a la carrera de su padre, ya que Mikhail estudia Economía, mientras que Simone cursa Psicología.
Por otro lado, su tercera hija es Rafaela Erazo Castro, nacida en 2011, fruto de su relación con la colombiana Paula Erazo. Rafaela es la menor de los tres y actualmente es una adolescente de aproximadamente 14 años. A diferencia de sus hermanos mayores, ha tenido mayor cercanía mediática, en parte por la relación más visible que mantiene con su familia paterna.
Mientras sus hermanos mayores se enfocan en su formación académica universitaria, Rafaela aún se encuentra en etapa escolar. En conjunto, los tres hijos de Cristian Castro han llevado una vida relativamente privada, alejados en gran medida del medio artístico que rodea la carrera de su padre.
